Комплексы ДНК-белок

Сравнение реальной вторичной структуры тРНК 1ffy и предсказаннной программами einverted и RNAfold

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера (RNAfold)
Акцепторный стебель	5'-1-72-3'; 5'-2-71-3'; 5'-3-70-3'; 5'-4-69-3'; 5'-5-68-3'; 5'-6-67-3'; 5'-7-66-3' Всего 7 пар	einverted сопоставляет нуклеотидам с номерами 1-7 нуклеотиды 63-57, т.е. не находит нужные пары	5' - 1 - 7 - 3' 5' - 67 - 73 - 3' 6/7 пар
D-стебель	10-25; 11-24; 12-23; 13-22; Всего 4 пары	einverted не находит пар	5'- 10 - 13 - 3' 5' - 23 - 26 - 3' 4/4 пар
Т-стебель	49-65; 50-64; 51-63; 52-62; 53-61; Всего 5 пар	Нулеотиду с номером 49 поставлен в пару нуклеотид 23	5'- 51 - 54 - 3' 5'- 62 - 65 - 3' 4/5 пар
Антикодоновый стебель	39-31; 40-30; 41-29; 42-28; 43-27; Всего 5 пар	27-31 нуклеотидам сопоставляются нуклеотиды 41-45	5'- 28 - 32 - 3' 5'- 40 - 44 - 3' 5 пар
Общее число канонических пар нуклеотидов	20	14	19

Задание 2

Упражнение 1

Упражнение 2.

Таблица 2. Контакты разного типа в комплексе 1R4O.pdb

Контакты атомов белка с:	Полярные	Неполярные	Всего
Остатками 2' - дезоксирибозы	1	8	9
Остатками фосфорной кислоты	6	1	7
Остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	1	2	3
Остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	1	8	9

Упражнение 3

С помощью команды nucplot я получила схемы белковых контактов, приведенные ниже.

Упражнение 4

Заметим, что больше всего контактов с ДНК образует лизин 461 из цепи А.

Важными для распознавания ДНК могут быть те остатки, что контактируют с азотистыми основаниями. Например Arg466(A), образующий сразу 2 водородные связи с 14 гуанином. На картинке ниже контакт между [ARG]466:A и [DG]14:C. Заметим, что аргинин взаимодействует своими аминогруппами с O6 и N7 гуанина.